Appel de scientifiques internationaux sur les données épigénétiques et le génome en 4D
Dans un article de réflexion publié dans Nature Genetics, les plus grands spécialistes, comprenant notamment des chercheurs de l'Institut Curie et du CNRS, demandent des normes unifiées et suggèrent des lignes directrices dans ce domaine de recherche émergent et prometteur.
L'étude de la structure tridimensionnelle de l'ADN et de sa dynamique révèle de nombreuses données sur l'expression génique, nous informant concrètement sur le fonctionnement des cellules, des tissus et des organes sains ou malades. Produire et gérer correctement cette grande quantité de données est à la fois un défi et une nécessité pour l'avancement de ce domaine. Dans un article de réflexion publié dans Nature Genetics, les plus grands spécialistes, comprenant notamment des chercheurs de l'Institut Curie et du CNRS, demandent des normes unifiées et suggèrent des lignes directrices dans ce domaine de recherche émergent et prometteur.
Tout comme une carte du monde n'est pas qu'une simple liste de lieux et de noms de rues, le génome est plus qu'une succession de lettres. Il s'agit pour l'ADN d'un véritable ballet d'interactions entre protéines et acides nucléiques qui évoluent au cours du temps. Les cellules peuvent ainsi gérer de manière sélective les informations génétiques au cours du développement et de la différenciation cellulaire ou en réponse à des aspects physiologiques et environnementaux.
Les scientifiques du monde entier développent de nouvelles technologies et progressent dans la compréhension de la dynamique de l'organisation tridimensionnelle du noyau. Cette nouvelle approche permettra aux chercheurs de cartographier les différences entre les types de cellules, d'explorer le fonctionnement réel de l'expression génique dans la santé ou les maladies et de déterminer comment les fonctions de l'ADN sont mises en oeuvre, même si elles se trouvent dans un minuscule noyau.
« Le repliement du génome et sa dynamique modulent l'expression génique et les nouvelles technologies nous permettent de construire des modèles 3D pour étudier ces changements », explique Edith Heard.
« Ces données bouleversent actuellement la recherche sur le génome et renforce notre compréhension de la complexité du noyau cellulaire », poursuit Geneviève Almouzni.
« Il s'agit d'un domaine tout à fait prometteur et des normes semblent indispensables, car le développement rapide des méthodes et la complexité croissante des données posent de nombreuses difficultés qui doivent être résolues maintenant », souligne Giacomo Cavalli.
L'ensemble des auteurs d'un article de réflexion publié dans le numéro actuel de Nature Genetics, tous engagés dans le domaine de la dynamique de l'organisation du génome demandent des normes sur les données épigénétiques et le génome en 4D. Ils y décrivent les principaux défis rencontrés dans ce domaine et proposent des lignes directrices pour réfléchir à des stratégies de validation partagée et normalisée des données et modèles de nucléome en 4D (3 dimensions spatiales ainsi que le temps).
Challenges and guidelines toward 4D nucleome data and model standards https://www.nature.com/articles/s41588-018-0236-3